
Der Ort wurde 995 erstmals als „Castrum Croszena“ in einer Schenkungsurkunde Kaiser Otto III. erwähnt. Besagter Kaiser schenkte den Bezirk Ponzowa, zu dem „Croszena“ – auch „Croszene“ oder „Croszan“ und später „Crosne“ genannt – gehörte, dem Zeitzer Bischof Hugo II.
Ursprünglich stand im Elstertal auf einem Bergsattel die im 10. Jahrhundert erstmals genannte Burg Crossen. Im Schutze dieser Anlage entstanden die Ortsteile Crossen – Gutsbezirk, Nöben und Rosenthal.
1140 wurde Crossen bereits als Marktflecken genannt. Als der Hauptmann Wolf Ernst von Wolframsdorf im Jahre 1585 von Kurfürst August von Sachsen das Amt Crossen mit allen Rechten und Nutzungen auf Lebenszeit verliehen bekam, ließ der Hauptmann die Burg zu einem Wohnschloss umbauen. Einziges Relikt der alten Burganlage ist der gewaltige Bergfried, um den herum das Barockschloss errichtet wurde.
In den Jahren von 1700 bis 1713 erfuhr das Schloss eine umfangreiche Erneuerung. Bemerkenswert ist der Große Festsaal, in dem durch kunstvolle Illusionsmalerei italienischer Künstler eine reiche architektonische Gliederung des Raumes vorgetäuscht wird.
Die monumentale Deckenmalerei zeigt eine auf Wolken sitzende Figurengruppe. Der Festsaal wird heute für Konzerte genutzt und gibt dem Schloss Crossen eine zentrale Bedeutung für das kulturelle Leben in der Region. Das auf einer kleinen Anhöhe liegende barocke Bauwerk ist eine schon von weitem sichtbare, eindrucksvolle Anlage und das Wahrzeichen der Elstergemeinde. Die berühmte Schriftstellerin und spätere Schlossherrin Elisabeth Freifrau von Heyking (geb. 1861 in Karlsruhe, gest. 1925 in Berlin; bekanntestes Werk „Briefe, die Ihn nicht erreichten“), Enkelin der Bettina von Arnim, lebte einige Zeit hier und wurde in der Kapelle des Schlosses beigesetzt. Zu ihren Ehren stellten die Crossener Bürger auf dem historisch bedeutsamen und sagenumwobenen Mühlberg einen Gedenkstein auf.

Von 1953 bis 1991 war im Schloss Crossen ein Institut für Lehrerbildung untergebracht.
Die bis dahin selbstständigen Bauerdörfer Nöben, Rosenthal und Crossen – Gutsbezirk schlossen sich 1925 mit dem Marktflecken Crossen zur Landgemeinde Crossen zusammen.
Crossen war als Marktflecken seit alters her bereits ein Ort, in dem Handwerker und Gewerbetreibende ansässig waren. Mit dem Anschluss an das Eisenbahnnetz entwickelte sich zu Ende des 19. Jahrhunderts die Kleinindustrie. So begann man in Crossen mit der Herstellung von Zigarren, baute Landmaschinen und legte mit der Kinderwagenfabrik des Hermann Dauterstädt den Grundstein für die traditionelle Zeitzer Kinderwagenproduktion.
Nach der Wende kamen zu der Vielzahl der bereits ansässigen Unternehmen weitere Firmenansiedlungen hinzu. Durch das neue Industrie- und Gewerbegebiet erfuhr und erfährt die Gemeinde einen wirtschaftlichen Aufschwung. In Crossen haben 127 Industrie- und Gewerbebetriebe ihren Standort. 1953 kam Crossen mit seinen Ortsteilen Nickelsdorf und Tauchlitz (beide 1950 eingemeindet) von der Provinz Sachsen zu Thüringen (damals Bezirk Gera). Der Ortsteile Ahlendorf wurde 1993 eingemeindet. Der 1937 in Krossen/Elster umbenannte Ort erhielt 1990 seinen heutigen Namen Crossen an der Elster.
Zu den ältesten Denkmälern im Ort gehört die gotische Kirche.
Ihr ältesten Teile gehen bis in das 13. Jahrhundert zurück.
In ihrem Inneren sind die barocke Stuckdecke, das hochgotische Netzgewölbe des Altarraumes, die 1750 errichtete Kanzel sowie ein Epitaph von 1636 sehenswert. Der Platz vor der Kirche, mit der im Zuge der Ortskernsanierung neu entstandenen verkehrberuhigten Zone und dem nach der Mühlbergsage gestalteten Zwergenbrunne, bilden das Zentrum des Ortes. Den Sagen nach sollen die auf dem Mühlenberg lebenden Zwerge den Menschen in ihrer Nachbarschaft des öfteren geholfen haben – sei es den Tauchlitzern beim Verlust ihrer Braupfanne oder dem Crossener Fischer Brehme als Lohn für das Übersetzen über die Elster.